Uma <dfn>matriz de incidência</dfn> é um array bidimensional (2D). Em geral, uma matriz de incidência relaciona duas classes diferentes de objetos entre suas duas dimensões. Esse tipo de matriz é semelhante a uma matriz de adjacência. No entanto, as linhas e as colunas significam algo mais neste caso.
Nos grafos, temos arestas e nós. Estas serão as nossas "duas classes diferentes de objetos". Esta matriz terá as linhas representando os nós e as colunas representando as arestas. Isto significa que podemos ter um número desigual de linhas e colunas.
Cada coluna representará uma única aresta. Além disso, cada aresta conectará dois nós. Para mostrar que há uma aresta entre dois nós, você colocará um 1 nas duas linhas de uma coluna específica. Abaixo vemos um grafo de 3 nós com uma aresta entre o nó 1 e o nó 3.
Aqui está um exemplo de uma incidence matrix (matriz de incidência) com 4 arestas e 4 nós. Lembre-se, as colunas são as arestas e as linhas são os próprios nós.
Grafos também podem ter <dfn>pesos</dfn> nas arestas. Até agora, tivemos arestas <dfn>sem peso</dfn>, onde apenas a presença e a falta de aresta é binária (`0` ou `1`). Você pode ter pesos diferentes, dependendo da aplicação. Um peso diferente é representado como números maiores que 1.
Estes cinco nós têm as seguintes relações. A primeira aresta está entre o primeiro e o segundo nó. A segunda aresta está entre o segundo e o terceiro nó. A terceira aresta entre o terceiro e o quinto nó. A quarta aresta está entre o quarto e o segundo nó. Todos os pesos das arestas são um e a ordem das arestas importa.